Der Ursprung von Kalkstein kann chemisch organogen oder klastisch sein und man bezeichnet damit ein Sedimentgestein dessen Anteile im wesentlichen aus Calcit Dolomit Ton und Teer bestehen.
Chemisch hergestellt besteht Kalkstein aus löslichem Kalziumbikarbonat kugelförmigen Aggregaten in Form von Kalziumkarbonat.
Tierische und pflanzliche Kalziumrückstände machen den organogenen Kalkstein aus.

Der klastische Ursprung von Kalkstein kommt aus Felsen die den Namen Brekzien Nagelfuhe und Konglomerate tragen. Er eignet sich als Dekorstein bzw. als Baustein bei der Herstellung von Kalk und Zement.
Marmor ist Kalkstein metamorphischen Ursprungs. Seine saccharide Struktur rührt her aus der Kristallisierung von organogenem Kalkstein. Durch den Metamorphismus in diesem Fall die beständige Schleifung des Steins werden die Fossilienspuren vollständig beseitigt.